福建省中药原料质量监测技术服务中心，成立于2014年，位于旗山校区至善楼，面积1万多平方米。
中心是在国家中医药管理局领导下，借助第四次普查试点工作成果，依托学校而设立，对上承接国家现代中药资源动态监测信息和技术服务中心的管理和任务，对下指导现代中药资源动态监测信息和技术服务中心监测站（目前已建设柘荣站和仙游站）开展工作，为全省各地的药农、药商、药企提供信息和技术服务，后续将增设监测站和监测点的建设工作。
中心仪器设备包括生物医药研发中心、医学实验中心及药学院的仪器设备，总价值1亿多元，包括显微及成像系统、高效液相色谱仪、薄层色谱仪、气相色谱仪、原子吸收光谱仪，原子荧光光谱仪、微波消解仪、高速离心机、紫外分光光度计、超低温冰箱等，另还有相关的配套设施，如中药标本馆1000多平方米，校内药用植物园100亩等。
中心配备固定工作人员，并已组建福建省中药产业技术服务专家咨询团队，涵盖中药材种植、产地加工、质量检验、市场营销、产品开发等专业领域。中心运行以来，为国家中心平台和本省当地政府、企业、种植加工户等提供有效服务与指导。