闽台中药分子生物技术国家地方联合工程研究中心于2016年10月获批建设，围绕闽台道地药材资源可持续利用、中药功效物质分离纯化及创新药物研发、中药质量控制及外源性物质检测新方法新技术、福建特色炮制工艺及毒性药材炮制减毒、中药及天然药物活性成分新型递送系统以及名优中成药的二次开发等方向开展研究。
中心拥有超高效液相色谱仪串联三重四级杆质谱仪、液相色谱质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪、天然产物高分辨率质谱仪、全自动药物靶点垂钓系统、高通量细胞分析系统等大型精密科研实验仪器等475台仪器设备，约6037.97万元，其中，50万元以上仪器共有27台,约2841.65万元。现有人员94人，其中高级职称69人，博士学位56人，拥有“全球前2%顶尖科学家榜单”1人、福建省特殊支持“双百计划”科技创新领军人才1人、“闽江学者”特聘教授1人、“闽江学者讲座教授”1人、省“百千万人才工程”人选1人、省雏鹰人才1人、省高层次人才7人，是一支知识、年龄结构合理、团结合作的富有创新精神的研究团队。是一支知识、年龄结构合理、团结合作的富有创新精神的研究团队。近五年，承担国家级项目19项，企业委托项目22项，在国内核心期刊发表论文161篇，发表SCI论文115篇，IF≥5、JCR 分布Q1区41篇；获国家专利授权46项，软件著作权1项；制定省级标准2项、行业标准17项；主编《平潭中药资源图志》、《福建道地药材》等专著13部；成果获福建省科学技术进步奖二等奖2项、三等奖1项，中国中西医结合学会科学技术奖等科研奖10项。
中心在闽台特色藤本类药材基础研究及转化应用方面取得系列标志性成果，对两岸习用的藤本类药材开展全产业链研究，彰显其防病治病的独特优势和作用，为地方特色中药资源的开发应用提供示范，中心坚持科研服务地方产业科技需求，推动产学研有机结合，促进行业发展，引领产业升级。